En la elaboración de jugos y bebidas en base de cítricos, en el procesamiento de la materia prima se generan una gran cantidad de residuos que pueden ser aprovechados para la obtención de moléculas con aplicación en el área de alimentos y farmacia. El objetivo de este trabajo fue extraer los compuestos bioactivos de la cáscara de naranja utilizando un sistema de fermentación en estado sólido por Aspergillus niger y como soporte cáscara de naranja. Se evaluaron las condiciones iniciales de fermentación en el cual se utilizó un diseño exploratorio Box Hunter y Hunter, en la matriz experimental se evaluaron 3 variables independientes: inóculo (esporas/g), KCl (g/l) y MgSO4 (g/l) a dos niveles uno mínimo (-1) y máximo (+1) con un total de 8 tratamientos por triplicado. Todos los experimentos se manejaron a una temperatura de 28 °C, se incubaron por 12 días, posteriormente se recuperaron los extractos con papel filtro utilizando una solución de etanol- agua al 50 %. Se observó mayor contenido de taninos condensados en todos los tratamientos que taninos hidrolizables. El valor más alto en taninos condensados (127.52 g/l) se obtuvo con el tratamiento cuatro con una cantidad de inoculo de 1x108 (esporas/g), 0.76 (g/l) de KCl y MgSO4. En los azucares totales el valor más alto (123881.31 mg/l) se obtuvo con el tratamiento tres bajo las siguientes condiciones: inoculo 1x108 (esporas/g) 0.76 (g/l) de KCl y 1.56 (g/l) MgSO4. Para la identificación de compuestos bioactivos se determinó por cromatografía líquida de alta resolución (CLAR) los resultados mostraron que en todos los tratamientos se encontraron los siguientes compuestos: Escopoletina, ácido ferúlico, ácido glicólico p-cumaroil, (-) -epicatequina, cirsimaritina, ácido 5-O-galoilquínico, ácido ferúlico 4-O-glucósido, ácido 3-feruloilquínico, ácido 5-5-Dehidroferúlico, luteolin 7-O-(2-apiosil-glucósido), apigenina 6,8-di-C-glucósido, quercetina 3-O-xilosil-glucurónido, Isoramnetina 3-O-glucósido7-O-ramnosido.La utilización de cáscara de naranja representa una alternativa biotecnológica para la producción de biocompuestos, que son considerados como antioxidantes naturales o como aditivos alimentarios.