"El uso de fluoróforos orgánicos como marcadores moleculares de bacterias han presentado una alternativa de marcaje, estos son materiales con alta fluorescencia y versatilidad para funcionalizar con biomoléculas utiliza das en la identificación y cuantificación de células, anabolitos u otras moléculas biológicamente activas. En el presente trabajo se reporta la evaluación de la interacción de tres familias de moléculas fluorescentes del tipo pentámero, pireno y perileno con bacterias benéficas tales como Bacillus subtilis LPM1, Bacillus subtilis spp. y patógenas como Clavibacter michiganensis y Escherichia coli, mediante técnicas espectroscópicas y micros cópicas de fluorescencia como UV-Vis, espectrometría de fluorescencia, microscopía de barrido láser confocal (LSCM) y Raman. La utilización de la molécula pentámero con cadena alquílica de 12 carbonos sintetizada con triples enlaces permitió realizar un mapeo espectral por Raman en B. subtilis LPM1 y E. coli visualizando la fluo rescencia en la parte superficial de la bacteria, por otro lado, mediante LSCM y espectrometría de fluorescencia se determinó que los marcadores derivados del pireno, la molécula con terminación ácido carboxílico presentó una mejor interacción con B. subtilis LPM1, mientras que B. subtilis spp. y E. coli presentaron mejor afinidad con la molécula con terminación hidroxi y C. michiganensis con la molécula del tipo perileno con terminación de ácido carboxílico. La espectrometría de fluorescencia permitió realizar de forma cuantitativa esta evaluación a partir de la comparación de los espectros de emisión y excitación para cada interacción molécula-bacteria, información que concuerda con lo observado en LSCM; la utilización de estas técnicas para conocer la afinidad de determina das moléculas fluorescentes con bacterias, son un herramienta capas de utilizarse en varios ámbitos, el poten cial uso que se busca y continua en proceso de investigación es la utilización como un método de detección de bacterias benéficas y fitopatógenas asociados a tejidos de plantas, que, con afinaciones permitirá proponer una herramienta para una detección de forma rápida, sencilla y eficiente."